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新型冠状病毒变异株检测新策略

在圣保罗医院的病毒学实验室。

随着2019冠状病毒病(COVID-19)大流行的持续演变,系统地调整检测能力以检测所有令人担忧的变体变得越来越重要。

最近发表的一篇文章Paul 's Hospital医学微生物学和病毒学负责人Marc Romney博士和他的团队提出了一种新的检测策略,该策略可以快速检测出循环变异,并使他们能够发现变异B.1.1.28/P的大量病例。1号,来自日本/巴西,之前在不列颠哥伦比亚省没有登记。更重要的是,这种新方法比目前的标准更快、更便宜,不需要携带高浓度病毒的样本,而且可以扩大规模,检测所有SARS-CoV-2阳性样本。

早期和快速发现令人关注的SARS-CoV-2变异对预防和控制棘手变异的广泛社区传播具有极其重要的公共卫生意义。这些变异不仅进化得更具有传染性,对中和抗体的敏感性更低,而且它们的多个新获得的突变也可能使它们更难用某些传统的检测方法捕获。

在圣保罗病毒学实验室分析的样本

这项研究的作者分析了公元前2021年1月25日至3月1日期间收集的近3.2万份鼻拭子和唾液/漱口水样本。大约8%的SARS-CoV-2检测呈阳性。对大多数阳性样本进行了进一步检测,以确定和追踪相关变异的传播,特别是血统B.1.1.7、B.1.351和B.1.1.28/P。1、首次分别在英国、南非和日本/巴西发现。这是通过扫描病毒基因组序列以寻找一种名为N501Y的突变来完成的,这种突变在目前所有关注的变种中都是常见的,但在SARS-CoV-2标准毒株中却没有。随后,对携带这种令人担忧的突变的样本进行了进一步分析,以区分这些令人担忧的变异。研究人员对它们进行了检查,以确定每种变异特有的其他突变。

最终确定了77个相关变异,其中57个与来自英国的变异相匹配,7个与来自南非的变异相匹配,13个与来自日本/巴西的变异相匹配。后者的发现是相当出乎意料的,因为在研究的时候,在加拿大和美国只有很少的这种麻烦的变异病例,以前在BC没有发现。

马克·罗姆尼医生,圣保罗医院医学微生物学和病毒学的医学领导。

“利用这项技术,我们迅速发现了一个B.1.1.28/P簇。1cases which otherwise would have likely gone undetected,” says Dr. Romney. “Since then, we have identified more B.1.1.28/P.1 cases in BC than have been identified in the entire United States, and more than any other country, except Brazil and Italy.”

测试策略更快更便宜

重要的是,变异在24小时内被识别出来,这比目前被称为全基因组测序的变异监测策略的周转时间要快。在加拿大,对SARS-CoV-2的随机亚组样本进行全基因组测序,这意味着某些变异病例可能会被忽视。这种方法不仅耗时,而且相当昂贵。

另一方面,基于pcr的算法,如罗姆尼博士及其同事提出的算法,成本更低,而且可以很容易地扩大规模,在诊断实验室中筛查所有阳性样本,从而为适当的公共卫生后续行动(追踪接触者、疫情宣布等)提供一个先机。此外,基于pcr的检测策略具有适应性,并可不时更新,以包括新出现的病毒毒株的靶标。最后,这种方法也不需要临床标本中存在大量病毒。

这组作者认为,他们的检测策略将是对目前在SARS-CoV-2诊断实验室进行的变异株监测方法的一个很好的补充。

这个故事最初出现在2019冠状病毒病免疫工作组(CITF)网站,经允许修改。基金为这项研究提供了部分资金。请点击这里阅读原文